formulari 2 - laboratori

[!] Important: no has iniciat sessió; les dades que posis al formulari no es guardaran. Vés a l'inici per iniciar sessió.

Carregar un formulari

Inicia sessió per veure els formularis guardats

[validat per admin] [no validat per admin] [complet] [incomplet] formulari [id:{{f.id}}] [OBS] — creat: [{{f.creat}} UTC] per [{{f.creat_per}}] [checksum:{{calcula_checksum(f.json)}}]

—
vista prèvia del formulari
Observacions mostres:
- {{mostra.id_mostra}} - {{mostra.observacions}}

consell: elimina formularis parcialment omplerts i queda't amb un sol formulari per data (el més actualitzat).

Formulari [id:{{formulari_carregat.id}}] — creat: [{{formulari_carregat.creat}} UTC] per [{{formulari_carregat.creat_per}}] Nou formulari

Protocol concentració/extracció
Laboratori
Investigador/a a càrrec
Mètode concentració
Data concentració
Control intern procés	Concentració	Extracció
Concentració de l'estoc	Concentració	Extracció
Volum afegit	Concentració	Extracció
Protocol RT-qPCR
Kit extracció RNA
Instrument qPCR
Kit RT qPCR
Observacions generals

Dianes
Nom diana	Primers/Sonda	LD experimental (95%) (CG/rx)	LQ experimental (CV 35%) (CG/rx)	Eficiència RT-qPCR (%)	Recta patró (y = a·x + b)				Opcions
Nom diana	Primers/Sonda	LD experimental (95%) (CG/rx)	LQ experimental (CV 35%) (CG/rx)	Eficiència RT-qPCR (%)	Pendent (a)	Ordenada (b)	r²	Threshold	Opcions

Enganxar des d'excel

Plantilla

ID mostra	Data anàlisi molecular	Volum mostra processat (mL)	Volum control intern (μL)	Volum concentrat (mL)	Volum de concentrat per extracció (μL)	Volum extracte RNA (μL)	Volum RNA per RT-qPCR (μL)	{{dia.nom \|\| 'nom_diana'}}
ID mostra	Data anàlisi molecular	Volum mostra processat (mL)	Volum control intern (μL)	Volum concentrat (mL)	Volum de concentrat per extracció (μL)	Volum extracte RNA (μL)	Volum RNA per RT-qPCR (μL)	{{ [ "Ct(1)#1", "Ct(1)#2", "Ct(1/10)#1", "Ct(1/10)#2", ][(i-1)%4] }}
{{mos.id_mostra}}	{{mos.data}}	{{mos.volum_processat.valor}}	{{mos.volum_control_intern.valor}}	{{mos.volum_concentrat.valor}}	{{mos.volum_concentrat_extret.valor}}	{{mos.volum_extracte_RNA.valor}}	{{mos.volum_RNA_RT_qPCR.valor}}	{{ct}}

Nota: no pot haver-hi espais a les cel·les. Comprova sempre que la taula s'hagi processat bé després d'enganxar des d'excel.

Resultats quantificació ({{formulari.mostres.length}} mostres)

Anar a la mostra: {{i+1}} ({{mostra.id_mostra}}) [OBS] [INV] |

Mostra {{i+1}} : {{mostra.id_mostra}} (Control procés) (mostra invalidada per admin)

↑ top

ID mostra

format: "DXXX-AAAA-MM-DD", per exemple: "DABR-2020-07-30" format: CP-AAAA-MM-DD, per exemple: "CP-2020-07-30"

Data anàlisi molecular

Volum mostra processat

Volum control intern

Volum concentrat

Factor concentració (x)

Volum de concentrat per extracció

Volum extracte RNA

Volum RNA per RT-qPCR

Volum equivalent analitzat

Valor puntual

({{mostra.valor_puntual?'Sí':'No'}}) — [{{mostra.get_camps_diferents_de_100()}} valor/s de Ct diferent/s de 100]

Observacions mostra

Dianes

Nom diana

Mostra directa

Mostra 1/10

Concentració final (CG/L)

Categoria (log)

Categoria Abs (log)

Recuperació (%)

LDt: {{ mostra.get_LD(quant).LDt.toExponential(2) }} | LDe: {{ mostra.get_LD(quant).LDe.toExponential(2) }} | LQ: {{ mostra.get_LD(quant).LQ.toExponential(2) }}

(control intern)

Ct ({{ dil=='Ct_1'?'1':'1/10' }})		Concentració (CG/L)
rep#{{i+1}}		{{ mostra.get_concentracio(quant, dil, i).toExponential(4) }}
Concentració mitjana →		{{ calcula_mitjana([ mostra.get_concentracio(quant, dil, 0), mostra.get_concentracio(quant, dil, 1), ]).toExponential(4) }}

{{ mostra.get_concentracio_final(quant).toExponential(4) }}

{{ ( Math.log10( mostra.get_concentracio_final(quant) ) - Math.log10( mostra.get_LD(quant).LDt ) ).toFixed(4) }}

{{ ( Math.log10( mostra.get_concentracio_final(quant) ) ).toFixed(4) }}

Recuperació (%)
Concentració	{{get_recuperacio(mostra,quant).rec_conc.toFixed(4)}}
Extracció	{{get_recuperacio(mostra,quant).rec_extr.toFixed(4)}}

Variants ({{mostra.variants.length}})

Nota: cal reportar sempre "Wuhan" i la mutació d'interès (i.e. "R346K")

	Ct (1)		Ct (1/10)
	rep#1		rep#1
	rep#2		rep#2

PLATAFORMA VISUALITZACIÓ (sarsaigua.icra.cat)
Estan les dades llestes per visualitzar?	No Sí

Nota: el formulari carregat ja ha estat validat per admin, i no es pot modificar.
Si vols modificar-lo posa't en contacte amb coordinaciosars@icra.cat indicant el nº de formulari (id:{{formulari_carregat.id}})

Inici / Formulari 2 - laboratori (quantificació)

Formulari [id:{{formulari_carregat.id}}] — creat: [{{formulari_carregat.creat}} UTC] per [{{formulari_carregat.creat_per}}] Nou formulari